科学家使用纳米孔测序同时获取染色质可和性及甲基化信息

日期：2020-12-11 来历：本站 供稿：战略与政策处 作者f66永乐中国-：治理员 种别：自力撰写

最近几年来跟着DNA测序技能的蓬勃成长，卵白质联合位点的高通量鉴定、染色质可和性和甲基化状况阐发等检测技能不停涌现，此中许多技能（如DNase-seq及ATAC-seq等）依靠在开放性染色质对于转座酶等的敏感性。于这些新技能中，全基因组核小体定位和DNA甲基化组测序技能（NOMe-seq）可以或许使用外源性M. CviPI GpC甲基转移酶标志基因组可和性区域，联合亚硫酸氢盐转换，NOMe-seq可以或许同时检测内源性胞嘧啶甲基化及核小体开放性状况。 纳米孔测序（Nanopore sequencing,又称第四代测序）是最近几年来鼓起的新一代单份子测序技能，具备测序读长（reads）长（ 150 kb），速率快，测序数据及时监控，呆板利便携带等长处。以前研究已经证实纳米孔测序可以或许检测内源性CpG甲基化，并能对于酵母甚至人类细胞的染色质可和性位点举行外源标志。 2020年11月23日，约翰霍普金斯年夜学Winston Timp传授带领的研究团队于 Nature Methods 杂志发表了题为“Simultaneous profiling of chromatinaccessibility and methylation on human cell lines with nanopore sequencing”的研究论文，作者经由过程GpC甲基转移酶外源性标志开放染色质后，使用纳米孔测序技能（nanoNOMe-seq）同时检测了人类细胞中的内源性CpG甲基化状况及染色质可和性的阶段性模式，构建了涵盖甲基化及染色质开放性信息等于内的人类细胞表不雅基因组，并使用该技能展现了乳腺癌细胞及非癌细胞间的表不雅遗传差异。nanoNOMe-seq为咱们展现人类发育与疾发病生中繁杂的染色质表不雅遗传学特性提供了新的技能撑持。 论文链接：https://doi.org/10.1038/s41592-020-01000-7-f66永乐中国-

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